Çimenlik kalesinin 1462 yılında inşaasına başlanması, kentin ilk nüvesinin de oluşması anlamına gelir. Boğazların ve kalenin savunulmasında görevli asker ve idari kökenli Müslümanların oluşturduğu ilk mahalle Fatih Camisi ve civarına kurulan Cami-i Kebir mahallesidir. Aynı dönemde kurulan bir başka mahalle ise, kalenin inşaasında görev alan çingenelerin oluşturduğu Cami-i Kebir mahallesi ile Sarıçay arasında yer alan Çay mahallesidir.
Bu iki mahallenin oluşumu sonrasında, denizcilik işlerinde yoğun olarak uğraşan Rumların kente geldikleri ve Cami-i Kebir mahallesinin kuzeyine yerleşerek Rum mahallesini oluşturdukları gözlenir. Aynı dönemde kente gelen Ermeniler, Cami-i Kebir ve Çay mahallelerinin doğusuna, Zafer meydanı kilise civarına yerleşir ve Ermeni mahallesini oluştururlar. Kentin ticari aksi ise belirmeye başlar ve kalenin hemen kuzeyinden başlayıp doğu yönünde gelişen Çarşı mahallesi oluşur. Öbür yandan kentin ihtiyaçlarını karşılayan küçük sanayi, Sarıçay kenarında ve Ermeni mahallesinin güneyi ile Çay mahallesinin doğusundaki bölgede el zanaatları mahallesi olarak yer alır.
18.yy'a kadar tarihi gelişimini bu şekilde sürdüren kentin, kimliği oluşmaya başlar. Öbür yandan boğazlarda artan ekonomik faaliyet, kentin zenginleşmesini ve liman kenti olma özelliğini ortaya çıkartır. Bu dönemde mevcut mahallelerin gelişerek büyüdüğü gözlenirken, iki farklı kesim kente yerleşir. Bunlardan birincisi, ticari aktivitede rol üstlenen Yahudilerdir. Yahudiler, kentin en doğusuna yerleşerek Musevi mahallesini oluştururlar. İkincisi ise, artan boğaz ticaretini yönlendirmek üzere kente gelen ve sayıları 20'yi bulan ticari ataşeler-konsoloslardır. O dönemin Avrupa ülkelerinin elçisi durumundaki bu kişiler, denizle olan yoğun ilişkileri dolayısıyla kordon boyunca ve kentin kuzey aksında, ticari ateşelikler mahallesini oluştururlar.
19. yy Çanakkale'si güvenli bir kenttir. Ancak Osmanlı İmparatorluğu çöküş dönemini yaşamaktadır, Kırım, Balkanlar ve Ege adalarını güvensiz bulan Müslümanlar kente gelmeye başlar. Bu dönemde Sarıçay'ın güneyindeki bölgede Tatar mahallesinin oluştuğu gözlenir. Bölge dışında yaşanan savaş karmaşasına rağmen Müslümanlar dışındaki farklılıklar kenti terk etmez, hatta genişlemesini sürdürür. Bu genişlemeyi sürdürenlerden birisi de Rumlardır. Şimdiki Cumhuriyet Meydanı ve civarının Müslüman mezarlığı olması dolayısıyla, ilk yerleşim alanına sığamayan Rumlar, bu bölgeyi atlayarak şimdiki İstiklal ve Cumhuriyet İlkokullarının olduğu bölgede yeni bir Rum mahallesi kurarlar.
Ancak bu durum uzun sürmez ve 20. yy başından itibaren başlayan savaşlar dönemi, yaklaşık 50 yıllık bir dönemde Çanakkale'nin harap olmasına yol açar. Savaşlar, uluslaşma süreci ve din-dil-ırk birliği ülküsü, güvensiz ortam, Müslümanlar dışındaki farklılıkların kenti terk etmelerine neden olur. Özellikle Balkanlar ve Ege adalarından kente gelen göçmenler mevcut kenti sahiplenir, fiziksel dokuyu fazla değiştirmeden kente yerleşir.